［文献解读］炎性乳腺癌抗HER2治疗过程中的克隆进化

, X" ^8 A, b1 r% T, Q5 v* z; h

Clonal Evolutionary Analysis during HER2 Blockade in HER2-Positive Inflammatory Breast Cancer: A Phase II Open-Label Clinical Trial of Afatinib +/- Vinorelbine     PLoS Med IF:13.585

文章概述
' o$ V8 ?* B! V. A2 v* c& V9 {1.II期开放式临床试验：HER2阳性炎性乳腺癌患者，阿法替尼单药 vs. 阿法替尼+长春瑞滨，单药治疗前后组织样本前瞻性全外测序；
  I0 _: Y. _6 c0 s" z3 U! G/ f2.阿法替尼单药治疗临床获益率35%，阿法替尼+长春瑞滨临床获益率20%，所有患者均存在治疗相关不良反应；
3.与非炎性乳腺癌相比，炎性乳腺癌基因突变率升高（TP53），新抗原增加；
4.治疗前后组织样本基因组变异结构具有一定稳定性，单药治疗前后克隆进化存在两种模式： branched evolution，shifting clonal structure
( n6 j, o3 y! B' M; g  x8 b$ U4 Q文章亮点
, U2 [6 o1 ]4 R) [. }+ ?) {$ J1.着眼于乳腺癌中恶性程度较高、已知信息较少的炎性乳腺癌（IBC）进行研究，一定程度上分析了非炎性乳腺癌（NIBC）与IBC之间的差异；
6 ~4 c: H# I. Z, W1 J2.EGFR、HER2双靶点抑制剂阿法替尼跨适应症应用探索；
3.临床试验+基因组分析，结合临床信息从分子水平解析IBC特征；
4.治疗前后节点取样，探究IBC阿法替尼单药治疗前后克隆进化过程
1.研究背景
* E' I4 R7 d. `1.IBC是一种发病年龄小、高侵袭性、不良预后、高转移性的乳腺癌亚型，总体发病率约占乳腺癌的1~6%；
2.前期报道中，IBC突变频谱与NIBC相比有所不同，但整体景观仍未可知；
3.一些临床试验中，已有证据表明阿法替尼能使转移性乳腺癌患者获益（BIBW 2992，LUX-Breast 1）。
+ L( j' |% s! |2. 试验设计
4 b+ t1 s. x* h8 `0 X! Y3 {研究流程

" N/ T9 _3 j  }! Y1.26名患者接受阿法替尼单药治疗（Part A）；疾病进展后，10名患者接受阿法替尼+长春瑞滨联合治疗（Part B）
0 E' v6 l# F. U2 K% d2.22名患者拥有治疗前组织样本，13名患者拥有治疗前后匹配组织样本
9 t4 u5 L6 P+ A! {5 Z3. 试验结果分析
患者临床获益比较

, P, H1 p, i0 `2 z' W4 E. t8 h1.单药治疗临床获益率35%，PFS中值110.5 days；26名患者中有7名接受过曲妥珠单抗治疗，在接受与未接受群体中阿法替尼临床获益率分别为0%（0/7）、47%（9/19），PFS中值分别为64 days、151 days
2.联合治疗临床获益率20%，PFS中值106.0 days；10名患者中有4名接受过曲妥珠单抗治疗，在接受与未接受群体中阿法替尼临床获益率分别为50%（2/4）、0%（0/6）
1 J& [7 a+ X; z- N不良反应汇总

" m6 P  J/ [9 z! J) }8 a1.无论是单药治疗还是联合治疗，不良反应率均达到100%
2.3级以上不良反应率偏高（38%、70%）
/ B- ^) [# A5 L% X3.单药治疗过程中，最常见不良反应及3级以上均为腹泻；联合治疗过程中，最常见不良反应为中性粒细胞减少及腹泻，最常见3级以上不良反应为中性粒细胞减少
% w& l- N- b9 M  y  `- d4. HER2阳性IBC突变频谱分析
22名患者疗前样本突变频谱分析
7 V( R% p$ a2 b0 E2 w! s
1.平均突变数：134.5（30–468），最常见突变基因为TP53（86.4% ，19/22）
2.PI3K/AKT/mTOR通路相关基因突变率较高
3.ERBB2扩增率并非100%，可能由于肿瘤异质性或正常组织污染造成
" r/ H$ y& N9 R0 u
1.GISTIC分析确定了HER2阳性IBC患者染色体上4个常见扩增区域，及12个常见缺失区域
, t1 T6 U2 M: G5 w% h2.与NIBC相比，IBC非同义突变率上升，新抗原增加，TP53突变率上升
5. 治疗过程中的克隆进化分析
7 M6 j8 A# Z* i1 F+ P: s13对配对组织样本基因组分析
3 f0 M' z9 `: g3 A. L! J
, N$ ~( w6 ^& n. Z3 w: Z1.疗后13组织样本平均突变数181.4 （50–505），其中79.1% ± 12.0%突变与疗前配对样本共有
2.治疗前后拷贝数变化也具有很强的一致性；分级群聚结果显示，肿瘤组织样本通过患者来源而并非治疗状态聚合
两种克隆进化模式

2 M* G. X  g. P( F$ `6 [; x  B( wT1：疗前节点样本   T2：疗后节点样本     CCF：cancer cell fraction     Clonal cluster:：T1、T2 CCF均接近1.0的肿瘤细胞克隆群（图中数字1代表，其余均为Subclonal cluster）
& J/ w. I1 D0 _. p6 }  j6 k- I1.除主克隆外，亚克隆分别为两节点组织特有
; l8 Q# x$ e. Y2.主克隆、亚克隆均为两节点组织共有，仅CCF在治疗过程中有升高或降低
1 O2 N: K: y) ?: g* n9 N) U6. 讨论
+ P7 o& Q! X6 ]; w; }9 L1.阿法替尼单药或联合长春瑞滨均能使HER2阳性IBC患者获益
+ `: D( w- a- D$ B2.HER2阳性IBC具有更高的突变及新抗原负荷，与NIBC相比，TP53突变率偏高是其显著的突变频谱特征
9 i2 v6 ]# @. G8 x& t7 r3.该研究中，治疗前后配对组织基因组分析没有发现突出的耐药性克隆，表观遗传学及微环境可能是IBC耐药性研究的未来方向
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